Обязанности одного налогоплательщика учитываются на одном ЕНС, в том числе его обязанности, возникшие в связи с работой обособленных подразделений. Ведение самостоятельных ЕНС для обособленных подразделений не предусмотрено.

Налоги обособленных подразделений можно уплачивать одним платёжным поручением вместе с остальными налогами организации. Но если организации удобно перечислять налоги разными платежами, закон не запрещает ей это делать. При этом реквизиты всех платёжных поручений в банк будут одинаковыми.

Порядок подачи налоговых деклараций (расчётов) в налоговые органы изменился только в части сроков (25 число месяца) и некоторых форм отчётности (например, новая форма по страховым взносам). Здесь сохраняется обязанность подавать декларации (расчёты) в те же налоговые органы, что и раньше.

Что касается уведомлений об исчисленных суммах налогов, то в уведомлении в поле «Представляется в налоговый орган (код)» указывается код налогового органа по месту нахождения организации (отделения иностранной организации), либо по месту учёта крупнейшего налогоплательщика, либо по месту жительства ИП.        

Таким образом, российским организациям уведомление нужно подавать в налоговый орган по месту учёта (для крупнейших налогоплательщиков – по месту учёта как крупнейшего налогоплательщика).

Уведомление можно подавать в виде одного документа. Для этого в разделе «Данные» в каждой графе предусмотрены поля «КПП в соответствии с порядком заполнения соответствующей налоговой декларации (расчёта)», «Код по ОКТМО» и «КБК», по которым инспекция сможет понять и отразить на ЕНС, в отношении какого обособленного подразделения, какого бюджета и по какому налогу у налогоплательщика возникла обязанность.