В 2023 г. порядок расчёта пеней фактически не изменился.

Пеня начисляется на сумму недоимки, а не на всю сумму отрицательного сальдо ЕНС (поскольку такая может включать задолженность по пеням, процентам и штрафам).        

Если налогоплательщик подаёт уточнённую декларацию, которой увеличивается совокупная обязанность, то пени начисляются на сумму недоимки за весь срок, а отражаются на ЕНС с даты учёта увеличения совокупной обязанности, то есть с даты представления уточнённой декларации.

В учёте налогового органа пени будут начисляться в разрезе каждого налога. При получении справки об отрицательном сальдо ЕНС налогоплательщику должна быть предоставлена развёрнутая информация о неисполненных обязанностях (детализированная по каждому налогу), пенях, процентах и штрафах, расчёт пеней и процентов, основание уплаты штрафов.